Selain mengupayakan kemajuan dalam bidang pengetahuan dan kajian-kajian sejarah, MSI juga memiliki perhatian terhadap upaya mengembangkan kesadaran sejarah di dalam masyarakat Indonesia, mempermudah akses publik terhadap sumber-sumber sejarah, dan peningkatan kurikulum serta isu-isu lainnya yang penting di Indonesia. Keseluruhan tujuan itu membentuk misi utama MSI dalam pekerjaan sehari-harinya.  Adapun garis besar yang menjadi tema utama misi MSI adalah:

Pengembangan Disiplin Sejarah dan Dukungan Bagi Sejarawan

• Memperjuangkan hak dan melindungi para sejarawan sesuai standar keahlian dalam menjalankan profesi mereka;
• Menjaga kebebasan mimbar akademis sebagai unsur penting dalam melahirkan karya-karya berkualitas dan berarti penting bagi masyarakat;
• Meningkatkan kualitas pengajaran sejarah, dan bersama lembaga-lembaga lain memelihara dan menjaga warisan kesejarahan nasional Indonesia;
• Melindungi dan mendorong upaya-upaya partisipasi lebih luas kalangan sejarawan publik dan mereka yang bekerja secara mandiri, serta para pengajar sejarah di sekolah-sekolah menengah Indonesia;

Menanamkan Budaya Ilmiah dan Kesadaran Sejarah dalam Masyarakat

• MSI menerbitkan Jurnal Sejarah sebagaii sarana pengembangan pengetahuan tentang sejarah Indonesia dengan tradisi peer-review sebagai syarat penting perkembangan ilmu pengetahuan;
• Menyelenggarakan konferensi tahunan yang menjadi ajang pertemuan terbesar dari para sejarawan di Indonesia melalui serangkain penyajian panel, workshop, dan presentasi poster atau medium lainnya.
• Menerbitkan media sejarah online yang menawarkan artikel dan komentar dari para sejarawan terkait masalah pengajaran, tema-tema penelitian baru dan persoalan-persoalan penting yang berkembang di masyarakat dari sudut pandang sejarah;
• Memfasilitasi pengembangan forum Komunitas MSI yang menjadi tempat bagi para sejarawan dan pengajar untuk saling bekerjasama. ators

Pengembangan Pengajaran dan Pembelajaran Sejarah

• Mengupayakan pengembangan kurikulum sejarah di tingkat dasar, menengah dan perguruan tinggi Indonesia;
• Memberikan penghargaan terhadap karya-karya sejarah terbaik setiap tahunnya (MSI Award) dan memberikan hibah kecil untuk penelitian dan penulisan sejarah;
• Menawarkan sumber pengajaran sejarah secara online yang memperkaya proses pengajaran di dalam kelas melalui materi-materi digital yang mempermudah pengajar dan siswa memahami sebuah topik sejarah tertentu