Sejak pembentukannya pada 1970, MSI telah menjadikan penerbitan karya-karya dalam bentuk manuskrip, jurnal, buku, dan sekarang dalam format digital sebagai langkah penting dalam mendorong kemajuan pengetahuan sejarah di Indonesia. Salah satu publikasi yang terbit secara reguler adalah Jurnal Sejarah yang sekarang terbit secara online dan dapat diakses secara terbuka oleh masyarakat.